El propósito principal del programa doctoral es preparar especialistas con estudios académicos avanzados en el campo de la Teología y el Liderazgo Ministerial. Estos estudios posibilitan a los egresados no solo tener un amplio conocimiento de la teología, el liderazgo y los diversos ministerios en el ámbito eclesiástico, sino que también les permiten aportar como investigadores y maestros de la fe cristiana en diversas áreas, como la espiritual, social y académica en Puerto Rico, Estados Unidos y a nivel mundial, debido al acceso internacional con el que cuenta el IDPMI. El liderazgo ministerial permite a cada líder adquirir herramientas y destrezas para manejar grupos de trabajo, manejar proyectos y presupuestos de sus áreas, bases y fundamentos bíblicos del ministerio, entre otras herramientas de la educación cristiana, la capellanía, la misiología y la consejería. Esta amplitud permite al egresado obtener un enfoque interdisciplinario, que promueve la investigación y reflexión sobre la teología, y su relevancia en la sociedad en que vivimos. De esta manera, pone énfasis en el análisis de los fundamentos teológicos del cristianismo, el liderazgo ministerial y la formación de valores éticos, que sustentan la idiosincrasia del IDPMI.
Los egresados tienen un conocimiento profundo de la Biblia, la historia de la iglesia y los principales conceptos y creencias de la fe cristiana.
Los egresados tienen las habilidades y el conocimiento necesario para liderar de manera efectiva en el ministerio cristianoium
Los egresados están comprometidos con el servicio a Dios y a la humanidad.